Beberapa catatan akses Gromacs, MrBayes, Python dan R di MPI cluster JBUB

1. Gromacs
Untuk menjalankan simulasi dinamika molekul maka contoh perintahnya adalah:
mpirun -hostfile ./ gmx_mpi mdrun -v -s ... dan parameter lainnya.
Semua file data disimpan di folder yang di buat di dalam /nfs/home/cluster karena folder ini dapat diakses oleh seluruh node cluster yang merupakan kunci dari cluster computing.

2. Mrbayes
Hampir sama dengan gromacs untuk menjalankan mrbayes, perintahnya:
mpirun -hostfile ./ mb
jalankan mrbayes di folder yang di dalamnya tersimpan data yang akan dioperasikan biasanya file nexus berakhiran .nex

3. Python
Python menggunakan library mpi4py yang dapat diimport langsung dengan kode:
import mpi4py
file_python.py ini kemudian disimpan dalam folder /nfs/home/cluster sehingga dapat dipanggil menggunakan:
mpirun -hostfile ./ python file_python.py

4.R
Walaupun masih dalam tahap awal trial dan error, R MPI menggunakan library Rmpi yang diimplementasikan dalam library snow dan parallel. Untuk mengaktifkan fungsi2 MPI pada R maka kodenya:
library(Rmpi),
library lainnya yang mungkin diload adalah:
library(snow), dan
library(parallel),
untuk mengeksekusi script R ini maka perintah pada terminal adalah:
mpirun R --slave -f file_script.R