Beberapa catatan akses Gromacs, MrBayes, Python dan R di MPI cluster JBUB

1. Gromacs
Untuk menjalankan simulasi dinamika molekul maka contoh perintahnya adalah:
mpirun -hostfile ./ gmx_mpi mdrun -v -s ... dan parameter lainnya.
Semua file data disimpan di folder yang di buat di dalam /nfs/home/cluster karena folder ini dapat diakses oleh seluruh node cluster yang merupakan kunci dari cluster computing.

2. Mrbayes
Hampir sama dengan gromacs untuk menjalankan mrbayes, perintahnya:
mpirun -hostfile ./ mb
jalankan mrbayes di folder yang di dalamnya tersimpan data yang akan dioperasikan biasanya file nexus berakhiran .nex

3. Python
Python menggunakan library mpi4py yang dapat diimport langsung dengan kode:
import mpi4py
file_python.py ini kemudian disimpan dalam folder /nfs/home/cluster sehingga dapat dipanggil menggunakan:
mpirun -hostfile ./ python file_python.py

4.R
Walaupun masih dalam tahap awal trial dan error, R MPI menggunakan library Rmpi yang diimplementasikan dalam library snow dan parallel. Untuk mengaktifkan fungsi2 MPI pada R maka kodenya:
library(Rmpi),
library lainnya yang mungkin diload adalah:
library(snow), dan
library(parallel),
untuk mengeksekusi script R ini maka perintah pada terminal adalah:
mpirun R --slave -f file_script.R

Remote desktop menggunakan RDP di Ubuntu dengan dukungan resume session multi user.

RDP dapat menjadi alternatif remote desktop selain VNC. RDP dan VNC dibangun dari konsep yang berbeda sehingga memiliki kelebihan dan kekurangan yang berbeda. VNC lebih mirip streaming film interaktif karena VNC mengirimkan gambar desktop utuh terkompresi sedangkan RDP mengirimkan salinan desktop dengan semua pemetaan komponen seperti tombol, huruf, scrollbar dll. RDP menampilkan desktop yang lebih tajam sedangkan VNC lebih konsisten walupun tampilannya seperti image yang dikompresi terlalu tinggi. Kelemahan dari RDP yang menjadi perhatian adalah tidak bisa menggunakan session yang sudah ada sehingga user terpaksa memulai desktop baru dan ini memboroskan sumberdaya. Hal tersebut juga tidak praktis karena pengguna harus melakukan logout dan login sehingga tidak dapat melakukan aktifitas non stop. Tapi ini bisa diakali.
1. Install dulu xrdp
sudo apt-get install xrdp

karena pengalaman sukses saya menggunakan xfce maka desktop xfce juga harus terpasang, dari pengalaman menggunakan mate juga tidak ada masalah,
sudo apt-get install xfce4

Lalu edit /etc/xrdp/startwm.sh beri comment pada
./X11/Xsession
menjadi
#./X11/Xsession

dan tambahkan di bawahnya
xfce4-session

mungkin pakai session yang lain bisa dicoba.

edit /etc/xrdp/xrdp.ini
di bawah [xrdp1]
ubah
port=-1
menjadi
port=ask

sehingga xrdp akan selalu bertanya port yang akan kita gunakan dan apabila kita masukkan port yang sedang aktif maka session akan dilanjutkan. Untuk memulai sesi baru dan mendapatkan port baru makan tinggal isikan -1 di isian port pada dialog login.

Cara mengakses remote desktop linux dengan protokol XRDP melalui Windows dan Linux

Untuk dapat mengakses remote desktop maka perlu tergabung dengan jaringan Lab Biokom dengan alamat IP berawalan 172.20.43.xxx
Windows
1. Pergunakan fasilitas search untuk mencari Remote Desktop Connection

2. Untuk Computer isikan 172.20.43.xxx, xxx adalah segmen terakhir alamat IP komputer lokasi akun yang bersangkutan. Opsi tambahan lainnya dapat diakses seperti untuk mengatur kedalaman warna dalam bpp. Semakin besar bpp maka tampilan semakin bagus tapi berefek membebani jaringan. Semakin kecil bpp semakin ringan di jaringan dengan warna yang kurang bagus.

3. Kemudian klik tombol koneksi
4. Berikutnya muncul jendela dialog berikut:

a. isi username dengan nama akun yang sudah terdaftar

b. isi password sesuai username

c. port diisi -1 bila anda belum pernah melakukan koneksi sebelumnya dan perhatikan port berapa yang tersambung. Port yang digunakan berawalan 59xx, bila anda sudah pernah melakukan koneksi sebelumnya dan belum melakukan log out maka harus menggunakan port tersebut untuk mengakses desktop yang sudah terbuka sebelumnya. Port terkecil dimulai dari 5910 dan koneksi berikutnya angkanya lebih besar secara urut. Bila anda memaksa masuk melalui port yang salah maka akan muncul error berikut. Bila menggunakan port yang benar yang sedang anda gunakan untuk log in maka anda dapat melanjutkan pekerjaan terakhir dengan catatan komputer tidak mati atau restart.

Koneksi yang sukses akan terlihat seperti ini

Angka di belakang alamat IP 127.0.0.1 (tanda merah) adalah port koneksi remote desktop anda. Apabila anda tidak logout dan langsung melakukan diskoneksi maka dengan mengakses port ini maka sesi sebelumnya akan dilanjutkan. Akun tetap dilindungi password sehingga orang yang tidak mengetahui password tidak dapat mengakses.

Setelah masuk ke remote desktop maka dapat berinteraksi dengan elemen desktop seperti biasa menggunakan mouse dan keyboard.